晶体结构的反应中间体L-2-haloacid dehalogenase对反应机理和影响。
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李YF,要么Y,藤井裕久T, Hisano T, Nishihara M,栗原市T,江崎N
晶体结构的反应中间体L-2-haloacid dehalogenase对反应机理和影响。
生物化学杂志。1998年6月12日;273 (24):15035 - 44。
- PubMed ID
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9614112 (在PubMed]
- 文摘
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晶体结构的L-2-haloacid dehalogenase从假单胞菌sp。YL包裹着monochloroacetate, L-2-chlorobutyrate, L-2-chloro-3-methylbutyrate,或L-2-chloro-4-methylvalerate测定为1.83,2.0,2.2,和2.2 a分辨率,分别使用复杂的晶体准备S175A突变体,这是同晶型与野生型酶。这些结构表现出独特的结构特点,对应于这些反应的中间体。在每种情况下,亲核试剂Asp-10酯化与dechlorinated衬底的一部分。底物在所有但半个monochloroacetate中间有一个维在C2原子。整个多肽折叠的中间体的野生型酶相似。然而,很明显,Asp-10-Ser-20区域移动到活动网站在所有的中间体,和酪氨酸- 91 asp - 102和亮氨酸- 117 - arg - 135区域使构象的变化但monochloroacetate中间体。ser - 118是羧基的衬底附近的一部分;这可能残留作为绑定残留底物羧基。疏水口袋,这主要是由Tyr-12, Gln-42, Leu-45, Phe-60,赖氨酸- 151,asn - 177和trp - 179侧链烷基的存在基质一半。这个口袋里可能发挥重要作用在稳定的烷基衬底一部分通过疏水相互作用,也可以扮演一个角色在决定酶的定向性。 Moreover, a water molecule, which is absent in the substrate-free enzyme, is present in the vicinities of the carboxyl carbon of Asp-10 and the side chains of Asp-180, Asn-177, and Ala-175 in each intermediate. This water molecule may hydrolyze the ester intermediate and its substrate. These findings crystallographically demonstrate that the enzyme reaction proceeds through the formation of an ester intermediate with the enzyme's nucleophile Asp-10.