催化反应的机制isoaspartyl二肽酶的大肠杆菌。
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Marti-Arbona R, Fresquet V, Thoden JB,戴维斯ML,霍尔顿嗯,Raushel调频
催化反应的机制isoaspartyl二肽酶的大肠杆菌。
生物化学,2005年5月17日,44 (19):7115 - 24。
- PubMed ID
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15882050 (在PubMed]
- 文摘
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Isoaspartyl二肽酶(IAD)酰胺水解酶家族的成员和催化水解乳沟beta-aspartyl二肽。野生型酶的结构研究表明,活性部位由一个双核的金属中心定位的c端一端(β/α)(8)桶域。稳态的水解动力学参数beta-aspartyl二肽得到pH值8.1。ph值配置文件beta-Asp-Leu的水解得到的锌/锌-、公司/ Co - Ni / Ni -, Cd / Cd-substituted IAD的形式。钟形观察资料为k(猫)和k (cat) / k (m)为所有四个metal-substituted pH值的函数形式。pK (a)的组织,必须unprotonated根据特定的金属离子催化活性不同的绑定在活性位点,而pK (a)的组织,必须使质子化催化活性相对独立于特定的金属离子的存在。集团的身份必须unprotonated氢氧化的催化活性符合桥梁两个二价阳离子的双核的金属中心。集团的身份,必须使质子化活动符合自由alpha-amino群二肽基板上。动力学常数得到的突变酶守恒的残留Glu77, Tyr137, Arg169, Arg233 Asp285, Ser289。野生型和突变体酶的催化特性,加上D285N突变体的x射线晶体结构包裹着beta-Asp-His,符合化学反应机制的二肽水解发起的偏振酰胺债券通过络合beta-metal双核的金属中心离子。 Nucleophilic attack by the bridging hydroxide is facilitated by abstraction of its proton by the side chain carboxylate of Asp285. Collapse of the tetrahedral intermediate and cleavage of the carbon-nitrogen bond occur with donation of a proton from the protonated form of Asp285.