对植物细胞壁降解土壤细菌的基因组序列Cellvibrio对虾。
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对植物细胞壁降解土壤细菌的基因组序列Cellvibrio对虾。
J Bacteriol。2008年8月,190 (15):5455 - 63。doi: 10.1128 / JB.01701-07。Epub 2008年6月13日。
- PubMed ID
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18556790 (在PubMed]
- 文摘
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植物细胞壁,它由一系列高度复杂的互连的多糖,是生物圈中最丰富的有机碳源。微生物降解植物细胞壁水解酶的合成一个广泛的组合显示高度复杂的分子结构。解开错综复杂的植物细胞wall-degrading酶合成的腐生的土壤细菌Cellvibrio多糖类化合物,其基因组测序和分析,预测细菌包含完整的曲目所需的酶降解植物细胞壁多糖和存储。大约三分之一的这些假定的蛋白质(57)预计将包含碳水化合物绑定模块来自13个49个知名的家庭。序列分析显示大约130预测糖苷水解酶这一目标的主要结构和存储植物多糖。与结肠的原核生物,叫多形拟c对虾的基因组预测编码大量GH43酶,这表明广泛的阿拉伯糖装饰附加到果胶和木聚糖可能代表一个主要的营养来源,不仅对肠道细菌也占据了陆地生态系统的微生物。这里给出的结果预测,c .多糖类化合物具有广泛的糖苷水解酶,裂解酶和酯酶。最重要的是,c .对虾的基因组是非常相似的革兰氏阴性海洋细菌,Saccharophagus degradans厅(T)。大约50%的预测c对虾plant-degradative装置似乎与美国共享degradans,符合利用植物的碳水化合物作为主要由生物基质。