结构和理论研究表明域运动产生胸苷磷酸化酶的活性构象。
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Pugmire MJ,库克WJ Jasanoff,沃尔特先生,Ealick SE
结构和理论研究表明域运动产生胸苷磷酸化酶的活性构象。
J杂志。1998年8月14日,281 (2):285 - 99。
- PubMed ID
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9698549 (在PubMed]
- 文摘
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两个新的晶体形式的大肠杆菌胸苷磷酸化酶(EC 2.4.2.4)被发现;单斜形态(P21空间群)和一种斜方晶系的形式(空间组I222)。这些结构解决了和之前相比正方形式(空间组P43212)决定的。这种比较域运动提供了证据的α(残留1到65年,163年至193年)和α/β(残留80年到154年,197年至440年)域,这被认为是关键酶活性的活性部位间隙关闭。三个铰链区域显然让α,α/ beta-domains彼此相对移动。单斜模型是最开放的三个模型,而正方模型是最封闭的。磷酸盐结合诱导形成的氢键His119和Gly208之间,这有助于订单前的115年到120年循环障碍性磷酸绑定。氢键的形成也起到关键作用域中的运动。alpha-domain移动作为一个刚体,而α/ beta-domain有一些非刚性的身体运动与His119-Gly208氢键的形成有关。8正方的两个基板之间的距离报道形式表明它可能不是一个活跃的构象。 However, the structural data for these two new crystal forms suggest that closing the interdomain cleft around the substrates may generate a functional active site. Molecular modeling and dynamics simulation techniques have been used to generate a hypothetical closed conformation of the enzyme. Analysis of this model suggests several residues of possible catalytic importance. The model explains observed kinetic results and satisfies requirements for efficient enzyme catalysis, most notably through the exclusion of water from the enzyme's active site.