开放和封闭构象的大肠杆菌嘌呤核苷磷酸化酶活性中心催化机理和影响。
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Koellner G, Bzowska Wielgus-Kutrowska B, Luic M,施泰纳T, Saenger W, Stepinski J
开放和封闭构象的大肠杆菌嘌呤核苷磷酸化酶活性中心催化机理和影响。
J杂志。2002年1月18日,315 (3):351 - 71。
- PubMed ID
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11786017 (在PubMed]
- 文摘
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三元复杂的晶体结构hexameric嘌呤核苷磷酸化酶(PNP)从大肠杆菌formycin衍生品和磷酸盐或硫酸根离子在2.0决议决定。发现六聚物三聚物的不对称的二聚体,是由双单体在不同的构象与活跃的站点。构象差异源于一个灵活的螺旋(H8: 214 - 236),这是连续在一个构象异构体,分段。连续的螺旋,进入活动网站的口袋是敞开的,只和配体结合松散(“开放”或“松散绑定”构象)。分割的螺旋(H8: 214 - 219和H8”: 223 - 236,由gamma-turn分隔),进入活动网站部分关闭,口袋是缩小和配体更加紧密地绑定(“关闭”或“紧绑定”构象)。此外,Arg217的侧链是由螺旋进入活动网站。这种残留物,守恒的同源pnp型,提出了催化机理中起着重要的作用。在该机制中,底物结合发生在开放,和催化作用发生在封闭的构象。催化作用涉及嘌呤基的质子化作用位置N7 Asp204的侧链,这是最初的酸的形式。引发的质子转移Arg217感动的侧链构象变化成氢键Asp204距离。 The mechanism explains the broad specificity of E. coli PNP, which allows 6-amino as well as 6-oxo-nucleosides as substrates. The observation of two kinds of binding sites is fully in line with solution experiments which independently observe strong and weak binding sites for phosphate as well as for the nucleoside inhibitor.