胞嘧啶核苷脱氨酶。2.3酶的晶体结构:过渡态模拟复杂。
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贝茨L,香,短SA,沃尔芬登R,卡特CW Jr
胞嘧啶核苷脱氨酶。2.3酶的晶体结构:过渡态模拟复杂。
J杂志。1994年1月14日,235 (2):635 - 56。
- PubMed ID
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8289286 (在PubMed]
- 文摘
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我们解决了大肠杆菌胞嘧啶核苷脱氨酶的结构(CDA)复杂过渡态模拟,5-fluoroprimidin-2-one核糖甙。α2 CDA的单体二聚体是由一个小n端α螺旋域与活跃的网站,没有明显的连接和两大核心领域。两个核心领域有几乎相同的三级结构和相关近似2倍对称,但缺乏内部的氨基酸序列同源性。比较核心域结构与已知结构的序列同源性和结构兼容性搜索表明,CDA三级结构不能叠加在任何已知的蛋白质结构。两个活动网站每跨单元界面形成二聚体。氨基核心领域提供了一种嘧啶核苷和锌结合口袋和其他单体的结构同源c端核心领域涵盖了活性部位间隙,完全隔绝溶剂的配体。深埋地下的锌结合网站是由一本小说“拓扑开关点”在连续两个阿尔法螺旋的氨基末端alpha-beta-alpha-beta段。过渡态的模拟必然作为一个共价水合物C4。抑制剂的羟基氧原子相互作用的锌原子Glu104羧基,提供高微分关联相对于氢原子、羟基的方式让人想起观察腺苷脱氨酶(ADA)。与后者酶不同,锌原子协调四面体配位场中两个半胱氨酸和一个组氨酸配体,加上羟基。 Moreover, the inhibitor stereochemistry is of the opposite hand from that of the corresponding ADA inhibitor at C4(R), but is the same at the hydroxyl group O4(S). A consequence of these stereochemical differences is that in CDA a single conserved carboxylate side-chain, Glu104, can provide all of the necessary proton transfer functions involved in generating the zinc hydroxide nucleophile, and protonating the pyrimidine ring nitrogen atom and leaving amino group. The differences in zinc ligands, ligand-binding stereochemistry, and tertiary structures of CDA and ADA strongly suggest that the common features of transition state stabilization arose by convergent evolution.