胞嘧啶核苷的结构deaminase-product复杂为有效的质子转移和基态扰动提供了证据。
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香,短SA,沃尔芬登R,卡特CW Jr
胞嘧啶核苷的结构deaminase-product复杂为有效的质子转移和基态扰动提供了证据。
生物化学。1997年4月22日,36 (16):4768 - 74。
- PubMed ID
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9125497 (在PubMed]
- 文摘
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晶体结构的胞嘧啶核苷deaminase-uridine产品复杂准备通过cocrystallizing酶与尿苷或扩散胞嘧啶核苷ligand-free晶体表明产品作为4-ketopyrimidine绑定。它们揭示四催化过程的附加功能。(1)水分子绑定到一个网站之前观察到绑定传入4-NH2集团代表离开氨分子的网站。守恒的Pro 128提供两根前残留羰基的定向。(2)104年Glu羧基旋转的氢键O4羟基的过渡态模拟复合物,形成一个新的氢键离去基一半。因此,稳定后的羟基过渡态,Glu 104转移离开氨基质子从这个群体,促进enol-to-keto异构化的产品。(3)区别傅里叶与过渡态配合物比较表明,嘧啶环向旋转锌大约10度。活性位点从而“拉”在催化环和4-NH2集团在相反的方向。保持与嘧啶环4-keto组的共面,N1-C1的糖苷键弯曲大约19度的环平面。这种扭曲可能“弹簧负载”产品复杂,促进离解。 Failure to recognize a similar distortion could explain an earlier crystallographic interpretation of the adenosine deaminase-inosine complex [Wilson, D. K., & Quiocho, F. A. (1994) Nat. Struct. Biol. 1, 691-694]. (4) The Zn-Sgamma132 bond, which lengthens in transition-state complexes, shortens as the O4 atom returns to a state of lower negative charge in the planar product, consistent with our previous proposal that this bond buffers the zinc bond valence, compensating buildup of negative charge on the oxygen nucleophile during catalysis.