共价中间困在2-keto-3-deoxy-6 phosphogluconate (KDPG)醛缩酶结构为1.95 a分辨率。
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J Allard, Grochulski P Sygusch J
共价中间困在2-keto-3-deoxy-6 phosphogluconate (KDPG)醛缩酶结构为1.95 a分辨率。
《美国国家科学院刊S a . 2001年3月27日,98 (7):3679 - 84。
- PubMed ID
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11274385 (在PubMed]
- 文摘
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2-Keto-3-deoxy-6-phosphogluconate (KDPG)醛缩酶催化的可逆的乳沟KDPG丙酮酸和glyceraldehyde-3-phosphate。酶是一个类醛缩酶的反应机理包括赖氨酸- 133之间形成席夫碱中间体酮底物。flash的共价加合物被困冻结KDPG醛缩酶晶体与10毫米丙酮酸浸泡在酸性环境下pH值4.6。结构决心1.95 a分辨率显示,丙酮酸与赖氨酸- 133经历了亲核攻击,形成质子化了的carbinolamine中间,功能席夫碱前体,由氢键稳定活性位点残基。与Glu-45 Carbinolamine交互表示一般碱催化的几个步骤。立体定向除了保障芳香交互的板式换热器与丙酮酸甲基- 135。在本机结构中,赖氨酸- 133捐赠所有的氢键,指示一群epsilon-ammonium盐的存在。亲核的激活是假定发生质子转移在monoprotonated两性离子(Glu-45 /赖氨酸- 133)。形成两性离子对需要之前的侧链重排的质子化了的赖氨酸- 133取代了水分子,氢连着两性离子残留。