晶体结构的tryptophanyl-tRNA合成酶与腺苷tetraphosphate:分布式的证据使用的催化氨基酸活化的结合能类我氨酰合成酶。

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Retailleau P, V,人发现胡锦涛M,卡特CW Jr

晶体结构的tryptophanyl-tRNA合成酶与腺苷tetraphosphate:分布式的证据使用的催化氨基酸活化的结合能类我氨酰合成酶。

J杂志。2007年5月25日,369 (1):108 - 28。Epub 2007年3月12日。

PubMed ID

17428498 (在PubMed

]

文摘

Tryptophanyl-tRNA合成酶(TrpRS)是一个功能二聚的连接酶,特别是夫妻水解ATP的AMP和焦磷酸形成的色氨酸和同源tRNA之间的酯键。从芽孢杆菌TrpRS stearothermophilus结合ATP模拟,腺苷的tetraphosphate和焦磷酸交换期间ATP (AQP)竞争力。亲和力的估计从这个竞争性抑制和等温滴定量热法表明,AQP结合200倍比ATP两种条件下的诱导契合紧密,绑定是耦合在一个不利的构象变化,交换的条件下,在没有构象变化。这些绑定数据提供了一种间接测量实验+ 3.0千卡/摩尔的构象的能量变化与诱导契合有关集会自由活跃的站点。热力学参数来源于量热法揭示非常温和向左反应变化,符合绑定受有利的熵变。2.5结构的TrpRS: AQP复杂,更始取决于x射线晶体学,就像前面描述的,达到国家TrpRS: ATP复合物。anticodon-binding域螺旋分解相对于Rossmann-fold领域20%的朝着的方向观察到复杂的产品。意外tetraphosphate构象允许γ和deltad磷酸基占据位置相当于那些被β和γ磷酸盐的ATP。beta-phosphate影响1.11扩展,凡alpha-phosphate向色氨酸羧酸盐而PPi模仿更深地陷入KMSKS循环。这个配置显著提高酶之间的相互作用和核苷酸腺苷和PPi绑定子站和统一。 A new hydrogen bond forms between S194 from the class I KMSKS signature sequence and the PPi mimic. These complementary thermodynamic and structural data are all consistent with the conclusion that the tetraphosphate mimics a transition-state in which the KMSKS loop develops increasingly tight bonds to the PPi leaving group, weakening linkage to the Palpha as it is relocated by an energetically favorable domain movement. Consistent with extensive mutational data on Tyrosyl-tRNA synthetase, this aspect of the mechanism develops high transition-state affinity for the adenosine and pyrophosphate moieties, which move significantly, relative to one another, during the catalytic step.

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药物靶点

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色氨酸	色氨酸——tRNA连接酶,胞质	蛋白质	人类	未知的	抑制剂	细节
色氨酸	色氨酸——tRNA连接酶、线粒体	蛋白质	人类	未知的	抑制剂	细节

药物酶

药物	酶	类	生物	药理作用	行动
色氨酸	色氨酸——tRNA连接酶,胞质	蛋白质	人类	未知的	底物 抑制剂	细节
色氨酸	色氨酸——tRNA连接酶、线粒体	蛋白质	人类	未知的	底物 抑制剂	细节