人类癌细胞磷蛋白组的综合表征。

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周宏，Di Palma S, preinger C, Peng M, Polat AN, Heck AJ, Mohammed S

人类癌细胞磷蛋白组的综合表征。

蛋白质组学报，2013年1月4日;12(1):260-71。doi: 10.1021 / pr300630k。Epub 2012年12月18日

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23186163 (PubMed视图
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摘要

基于质谱(MS)的磷酸化蛋白质组学在细胞蛋白磷酸化的定性和定量分析方面取得了非凡的成功。考虑到细胞中磷酸化的估计水平位于远超过100,000个位点，仍有很大的改进空间。在这里，我们试图扩大磷蛋白质组覆盖的深度，同时在可用材料、稳健性和仪器运行时间方面保持现实的愿望。我们开发了三种策略，每种策略都在这三个关键参数之间提供了不同的平衡。第一种策略简单地使用Ti(4+)-IMAC富集，然后使用反相色谱- LC-MS(称为1D)。第二种策略通过使用HILIC (2D)纳入了额外的分馏步骤。最后，设计了第三种策略，首先采用SCX分馏，然后是Ti(4+)-IMAC富集，然后是HILIC (3D)分馏。对HeLa细胞系进行了初步评价。在大约2小时内检测3700个磷酸肽，1D策略被发现是最敏感的，但在全beplayapp面性上受到限制，主要是由于复杂性和动态范围的问题。总体而言，使用基于2D的策略实现了最佳平衡，在大约48小时内用不到1 mg的材料识别出近17,000个磷酸肽。随后，我们用K562细胞样本证实了这一发现。beplayapp When sufficient material was available, the 3D strategy increased phosphoproteome allowing over 22,000 unique phosphopeptides to be identified. Unfortunately, the 3D strategy required more time and over 1 mg of material before it started to outperform 2D. Ultimately, combining all strategies, we were able to identify over 16,000 and nearly 24,000 unique phosphorylation sites from the cancer cell lines HeLa and K562, respectively. In summary, we demonstrate the need to carry out extensive fractionation for deep mining of the phosphoproteome and provide a guide for appropriate strategies depending on sample amount and/or analysis time.

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多肽
名字 UniProt ID
组蛋白去乙酰化酶 Q9UQL6 细节
高亲和力camp特异性和ibmx不敏感的3'，5'环磷酸二酯酶8B O95263 细节
肌醇1,4,5-三磷酸受体2型 Q14571 细节
肌醇1,4,5-三磷酸受体3型 Q14573 细节
二聚化蛋白2 Q8WYK2 细节
环amp依赖性转录因子ATF-1 P18846 细节
环amp依赖性转录因子ATF-2 P15336 细节
环amp依赖性转录因子ATF-3 P18847 细节
循环amp依赖转录因子ATF-5 Q9Y2D1 细节
环amp依赖性转录因子ATF-7 P17544 细节
金属调控转录因子1 Q14872 细节
PML蛋白 P29590 细节
金属载体CNNM2 Q9H8M5 细节
三羧酸转运蛋白，线粒体 P53007 细节
钠依赖性磷酸盐转运体 Q08357 细节
细胞色素c氧化酶铜伴侣 Q14061 细节
Hephaestin Q9BQS7 细节
钙调磷酸酶B同源蛋白 Q99653 细节
Calmodulin-2 P0DP24 细节
Calmodulin-3 P0DP25 细节
DNA-3-methyladenine糖基化酶 P29372 细节
60 kDa热休克蛋白，线粒体 P10809 细节
40S核糖体蛋白S2 P15880 细节
异质核糖核蛋白A2/B1 P22626 细节
异质核糖核蛋白H P31943 细节
异质核糖核蛋白H3 P31942 细节
异质核糖核蛋白 P14866 细节
剪接因子，富含脯氨酸和谷氨酰胺 P23246 细节
剪接因子3A亚基2 Q15428 细节
活化蛋白C激酶受体 P63244 细节
Stress-induced-phosphoprotein 1 P31948 细节
真核起始因子4A-I P60842 细节
14-3-3蛋白 P31946 细节
肝癌源性生长因子 P51858 细节
磷酸甘油酸变异酶 P18669 细节
特异性gtpase激活蛋白 P43487 细节
凯尔血型糖蛋白 P23276 细节
整合素alpha-5 P08648 细节
杭丁顿蛋白 P42858 细节
帽特异性mRNA(核苷-2′- o -)-甲基转移酶1 Q8N1G2 细节
神经细胞粘附分子L1 P32004 细节
Prohibitin-2 Q99623 细节
皮瓣内切酶1 P39748 细节
Beclin-1 Q14457 细节
真核生物翻译起始因子3亚基F O00303 细节
RuvB-like 2 Q9Y230 细节
剪切因子3B亚基3 Q15393 细节
异质核糖核蛋白 P52597 细节
异质核糖核蛋白K P61978 细节
热休克70 kDa蛋白 P34932 细节
热休克蛋白105 kDa Q92598 细节
核迁移蛋白nudC Q9Y266 细节
26S蛋白酶调节亚基6A P17980 细节
剪接因子3A亚基3 Q12874 细节
染色质亚家族E成员SWI/ snf相关基质相关动作蛋白依赖性调节因子1 Q969G3 细节
肿瘤蛋白D54 O43399 细节
原肌球蛋白-3链 P06753 细节
原肌球蛋白-4链 P67936 细节
泛素羧基末端水解酶 P54578 细节
Alpha-2-HS-glycoprotein P02765 细节
染色体盒蛋白同源物 P45973 细节
角蛋白，I型细胞骨架 P13645 细节
lys -63特异性去泛素酶BRCC36 P46736 细节
Desmoplakin P15924 细节
KAT8调节NSL复合物亚基3 Q9P2N6 细节
远上游元件结合蛋白2 Q92945 细节
富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白质 P21291 细节
Filamin-A P21333 细节
异质核糖核蛋白D0 Q14103 细节
异染色质蛋白1结合蛋白3 Q5SSJ5 细节
Ras gtpase激活样蛋白IQGAP1 P46940 细节
Nucleophosmin P06748 细节
60S核糖体蛋白L14 P50914 细节
60S核糖体蛋白L18 Q07020 细节
60S核糖体蛋白L35 P42766 细节
60S核糖体蛋白L4 P36578 细节
核糖体蛋白S13 P62277 细节
40S核糖体蛋白S17 P08708 细节
40S核糖体蛋白S28 P62857 细节
40S核糖体蛋白S5 P46782 细节
40S核糖体蛋白S6 P62753 细节
40S核糖体蛋白S8 P62241 细节
40S核糖体蛋白S9 P46781 细节
拼接因子1 Q15637 细节
小核核糖核蛋白smd2 P62316 细节
丝氨酸/精氨酸丰富剪接因子4 Q08170 细节
Transgelin-2 P37802 细节
Zyxin Q15942 细节
丝氨酸/精氨酸丰富剪接因子1 Q07955 细节
存活运动神经元蛋白 B4DP61 细节
瞬时受体电位阳离子通道亚家族V成员2 Q9Y5S1 细节
Myosin-9 P35579 细节
可能的atp依赖性RNA解旋酶DDX5 P17844 细节
剪接因子3B亚基1 O75533 细节
/肌醇钠转运蛋白 P53794 细节
超长链脂肪酸伸长蛋白5 Q9NYP7 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q9Y6E0 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q13188 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q15208 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶38样 Q9Y2H1 细节
STE20/ sp1相关脯氨酸-丙氨酸富蛋白激酶 Q9UEW8 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TAO1 Q7L7X3 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q9H2K8 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶TBK1 Q9UHD2 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q9UKI8 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q86UE8 细节
TRAF2和nck相互作用蛋白激酶 Q9UKE5 细节
非受体酪氨酸蛋白激酶TNK1 Q13470 细节
酪氨酸蛋白激酶受体TYRO3 Q06418 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ULK1 O75385 细节
ap2相关蛋白激酶 Q2M2I8 细节
bmp -2诱导蛋白激酶 Q9NSY1 细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶激酶1 Q8N5S9 细节
钙/钙调素依赖性蛋白激酶激酶2 Q96RR4 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q6DT37 细节
香橼rho相互作用激酶 O14578 细节
双特异性蛋白激酶CLK2 P49760 细节
双特异性蛋白激酶CLK4 Q9HAZ1 细节
酪蛋白激酶I异构体 P48729 细节
死亡相关蛋白激酶 Q9UIK4 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶DCLK2 Q8N568 细节
干扰素诱导的双链rna激活蛋白激酶 P19525 细节
eif -2- α激酶 Q9P2K8 细节
酪氨酸蛋白激酶 P16591 细节
Cyclin-G-associated激酶 O14976 细节
糖原合成酶激酶-3 P49840 细节
白细胞介素-1受体相关激酶1 P51617 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SIK3 Q9Y2K2 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶LATS1 O95835 细节
LIM结构域激酶2 P53671 细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶6 P52564 细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶激酶11 Q16584 细节
有丝分裂原活化蛋白激酶激酶激酶15 Q6ZN16 细节
有丝分裂原活化蛋白激酶激酶激酶3 Q99759 细节
有丝分裂原活化蛋白激酶激酶激酶 Q9Y6R4 细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶6 O95382 细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶激酶激酶2 Q12851 细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶激酶激酶激酶 O95819 细节
丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶激酶激酶激酶 Q9Y4K4 细节
丝裂原活化蛋白激酶 P31152 细节
MAP激酶活化蛋白激酶 Q8IW41 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK1 Q9P0L2 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK2 Q7KZI7 细节
MAP/微管亲和调节激酶 P27448 细节
MAP/微管亲和调节激酶 Q96L34 细节
clip相关蛋白 Q7Z460 细节
巨核细胞相关酪氨酸蛋白激酶 P42679 细节
母胚亮氨酸拉链激酶 Q14680 细节
畸形样激酶1 Q8N4C8 细节
MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q9BUB5 细节
MAP激酶相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶2 Q9HBH9 细节
肌凝蛋白轻链激酶 Q32MK0 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek1 Q96PY6 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek4 P51957 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Nek9 Q8TD19 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶OSR1 O95747 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q13153 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q13177 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 O96013 细节
周期蛋白依赖性激酶 Q00537 细节
磷脂酰肌醇激酶 Q9UBF8 细节
膜相关酪氨酸和苏氨酸特异性cdc2抑制激酶 Q99640 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N1 Q16512 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N2 Q16513 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PLK4 O00444 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶PRP4同源物 Q13523 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO1 Q9BRS2 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO2 Q9BVS4 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶RIO3 O14730 细节
受体相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q13546 细节
受体相互作用丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶2 O43353 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SIK2 Q9H0K1 细节
snf相关丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 Q9NRH2 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 O94804 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶17A Q9UEE5 细节
组蛋白赖氨酸n -甲基转移酶EZH2 Q15910 细节
Exportin-1 O14980 细节
POU结构域，2类，转录因子1 P14859 细节
丝裂原活化蛋白激酶 Q16659 细节
nad依赖性蛋白去乙酰化酶sirtuin-2 Q8IXJ6 细节
肌营养不良蛋白 P11532 细节
溶质载体家族43个成员 Q8NBI5 细节
过氧化物酶体增殖体激活受体辅助激活因子1- Q86YN6 细节
电压门控钾通道亚基β -2 Q13303 细节
细胞色素b还原酶 Q53TN4 细节
atp柠檬酸合酶 P53396 细节
长链酰基辅酶a合成酶 O14975 细节
溶质载体族23个成员2 Q9UGH3 细节
钠偶联中性氨基酸转运体 Q9H2H9 细节
钠偶联中性氨基酸转运体 Q96QD8 细节
DNA(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3A Q9Y6K1 细节
鞘氨醇1-磷酸受体 Q99500 细节
锌转运器ZIP10 Q9ULF5 细节
锌转运体ZIP6 Q13433 细节
锌转运体1 Q9Y6M5 细节
锌转运蛋白ZIP3 Q9BRY0 细节
锌转运体6 Q6NXT4 细节
受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3 P21860 细节
二酰基甘油激酶 Q13574 细节
v型质子atp酶亚基S1 Q15904 细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体12型 Q05209 细节
酪氨酸蛋白磷酸酶非受体6型 P29350 细节
v型质子ATPase 116 kDa亚基a亚型1 Q93050 细节
v型质子ATPase 116 kDa亚基a异构体2 Q9Y487 细节
线粒体钾通道 Q96ER9 细节
质膜钙转运atp酶1 P20020 细节
质膜钙转运atp酶4 P23634 细节
Caspase-9 P55211 细节
DNA(胞嘧啶-5)-甲基转移酶3B Q9UBC3 细节
白细胞介素-6受体亚基 P40189 细节
鞘氨酸激酶 Q9NRA0 细节
Leucyl-cystinyl氨基肽酶 Q9UIQ6 细节
平衡核苷转运蛋白 Q9BZD2 细节
钼酸盐合成酶催化亚基 O96007 细节
受体蛋白酪氨酸激酶 Q504U8 细节
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶ATR Q13535 细节
p -选择素糖蛋白配体 Q14242 细节
小眼相关转录因子 O75030 细节
真核生物翻译起始因子4e结合蛋白 Q13541 细节
赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1A O60341 细节
转录1- α / β的信号换能器和激活因子 P42224 细节
增殖标记蛋白Ki-67 P46013 细节
G1 / S-specific cyclin-D3 P30281 细节
G1 / S-specific cyclin-D2 P30279 细节
组蛋白乙酰转移酶p300 Q09472 细节
elav样蛋白 Q15717 细节
核因子红系2相关因子2 Q16236 细节
双特异性丝裂原活化蛋白激酶激酶 O14733 细节
camp依赖性蛋白激酶i - β调节亚基 P31321 细节
血红蛋白亚单位-1 P69891 细节
血红蛋白亚单位-2 P69892 细节
bcl -2结合成分3，异构体1/2 Q9BXH1 细节
bcl -2样蛋白 O43521 细节
腺苷酸环化酶3型 O60266 细节
腺苷酸环化酶6型 O43306 细节
9型腺苷酸环化酶 O60503 细节