结构之间切换受体激动剂和拮抗剂构象Ligand-Optimized模型人类芳基碳氢化合物的受体配体结合域。
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帕金斯,菲利普斯JL Kerkvliet倪,Tanguay RL, Perdew GH, Kolluri SK, Bisson WH
结构之间切换受体激动剂和拮抗剂构象Ligand-Optimized模型人类芳基碳氢化合物的受体配体结合域。
生物学(巴塞尔)。2014年10月17日;3 (4):645 - 69。doi: 10.3390 / biology3040645。
- PubMed ID
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25329374 (在PubMed]
- 文摘
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芳基碳氢化合物受体配体依赖性转录因子调节(AHR)是一群不同的基因的表达。外源性配体包括气道高反应性的环境污染物2、3、7日8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD),这是一个强有力的兴奋剂,对手气道高反应性和合成n - 2 - (1 h-indol-3yl)乙基)9-isopropyl-2 - (5-methylpyridin-3-yl) 9 h-purin-6-amine (GNF351)。因为没有实验确定结构的配体结合域存在,同源模型用于虚拟配体筛选(VLS)寻找新颖的配体。这里,我们已经开发出一种“agonist-optimized”同源模型气道高反应性的配体结合域,和这个模型辅助的发现两个人由VLS AHR受体激动剂。此外,我们进行了分子动力学模拟的TCDD-bound受体激动剂和拮抗剂GNF351-bound版本的模型,以获得洞察气道高反应性的力学配体结合的口袋里。这些模拟确定残留307 - 329作为一个灵活的气道高反应性的配体的口袋,采用离散构象受体激动剂或拮抗剂绑定。这种灵活的AHR可能作为结构性转变,决定了给定AHR配体受体激动剂或拮抗剂的活动。