用免疫亲和减法、肼化学和质谱分析人血浆n -糖蛋白组。

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刘涛，钱文杰，Gritsenko MA，第二营DG, Monroe ME, Moore RJ, Smith RD

用免疫亲和减法、肼化学和质谱分析人血浆n -糖蛋白组。

蛋白质组学杂志，2005 11 - 12;4(6):2070-80。

PubMed ID
16335952 (PubMed视图
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摘要

人类血浆蛋白质组的巨大复杂性，相对蛋白质丰度的广泛动态范围(超过10个数量级)，以及巨大的异质性(由于翻译后修饰，如糖基化)，严重挑战了现有分析方法的能力。在这里，我们描述了一种广泛分析人血浆n -糖蛋白的方法，使用免疫亲和减法和糖蛋白捕获相结合的方法来降低蛋白质浓度范围和总体样本复杂性。六种高丰度血浆蛋白同时使用预先包装的固定抗体柱去除。然后用酰亚胺树脂从耗尽的血浆中捕获n -连接的糖蛋白并进行酶解，用肽- n -糖苷酶F (PNGase F)释放结合的n -连接糖苷肽。强阳离子交换(SCX)分离后，用反相毛细管液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)分析去糖基化肽。使用严格的标准，总共确定了2053种不同的n -糖肽，包括303种非冗余n -糖蛋白。这种富集策略显著提高了许多低丰度蛋白的检测和鉴定，例如白细胞介素-1受体拮抗剂蛋白(约200 pg/mL)、组织蛋白酶L(约1 ng/mL)和转化生长因子β 1(约2 ng/mL)。共鉴定出639个n -糖基化位点，这些糖基化位点分配的整体高准确性通过使用高分辨率液相色谱耦合傅里叶变换离子回旋共振质谱(LC-FTICR)的精确质量测量进行了评估。

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多肽
名字 UniProt ID
凝血因子XIII A链 P00488 细节
凝血因子VIII P00451 细节
血管内皮生长因子受体3 P35916 细节
凝血因子V P12259 细节
凝血酶原 P00734 细节
癌胚抗原相关细胞粘附分子 P13688 细节
多巴胺beta-hydroxylase P09172 细节
Corticosteroid-binding球蛋白 P08185 细节
血管紧张素转换酶 P12821 细节
Transcobalamin-1 P20061 细节
抗凝血酶iii P01008 细节
转体基因 P02766 细节
维生素k依赖蛋白C P04070 细节
整合素alpha-IIb P08514 细节
肥大/干细胞生长因子受体试剂盒 P10721 细节
低密度脂蛋白受体 P01130 细节
Serotransferrin P02787 细节
Thyroxine-binding球蛋白 P05543 细节
纤维蛋白原α链 P02671 细节
性激素结合球蛋白 P04278 细节
电压依赖性钙通道亚基α -2/ δ -1 P54289 细节
肝素辅因子2 P05546 细节
巨噬细胞集落刺激因子1受体 P07333 细节
二肽基肽酶4 P27487 细节
补充C5 P01031 细节
溶酶体alpha-glucosidase P10253 细节
Alpha-2-macroglobulin P01023 细节
-1-酸性糖蛋白1 P02763 细节
血清对氧磷酶/芳酯酶1 P27169 细节
组织蛋白酶D P07339 细节
维生素k依赖蛋白S P07225 细节
Alpha-1-antitrypsin P01009 细节
组织因子途径抑制剂 P10646 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白3 P17936 细节
Beta-glucuronidase P08236 细节
转化生长因子β -1 P01137 细节
膜一级胺氧化酶 Q16853 细节
Kininogen-1 P01042 细节
P03951 细节
基膜特异性硫酸肝素蛋白聚糖核心蛋白 P98160 细节
整合素beta 2 P05107 细节
血管紧张肽原 P01019 细节
Vitronectin P04004 细节
髓过氧物酶 P05164 细节
氨肽酶N P15144 细节
中性粒细胞明胶酶相关脂脂素 P80188 细节
细胞间粘附分子 P05362 细节
CD44抗原 P16070 细节
血管细胞粘附蛋白1 P19320 细节
Alpha-2-antiplasmin P08697 细节
血浆铜蓝蛋白 P00450 细节
整合素β3 P05106 细节
纤连蛋白 P02751 细节
血清淀粉样蛋白p组分 P02743 细节
adp核糖环化酶/环状adp核糖水解酶 Q10588 细节
补C1s子分量 P09871 细节
补体因子B P00751 细节
纤维蛋白原链 P02675 细节
纤维蛋白原γ链 P02679 细节
补体C1r子分量 P00736 细节
补体C1q子分量子单位A P02745 细节
层粘连蛋白亚基β -1 P07942 细节
层粘连蛋白亚单位-1 P11047 细节
低密度脂蛋白受体相关蛋白1 Q07954 细节
血浆丝氨酸蛋白酶抑制剂 P05154 细节
亚洲糖蛋白受体2 P07307 细节
Neuropilin-1 O14786 细节
成纤维细胞生长因子受体1 P11362 细节
组织蛋白酶L1 P07711 细节
胆碱酯酶 P06276 细节
谷酰基氨基肽酶 Q07075 细节
血浆激肽释放酶 P03952 细节
血浆蛋白酶C1抑制剂 P05155 细节
Beta-2-glycoprotein 1 P02749 细节
Zinc-alpha-2-glycoprotein P25311 细节
整合素β4 P16144 细节
清道夫受体富半胱氨酸1型蛋白M130 Q86VB7 细节
瘦素受体 P48357 细节
淀粉样蛋白A4蛋白 P05067 细节
Cadherin-5 P33151 细节
羧肽酶B2 Q96IY4 细节
补体C3 P01024 细节
羧肽酶N亚基2 P22792 细节
Alpha-mannosidase 2 Q16706 细节
脯氨酸内肽酶FAP Q12884 细节
胆固醇酯转移蛋白 P11597 细节
单核细胞分化抗原CD14 P08571 细节
血清对氧磷酶/内酯酶3 Q15166 细节
受体型酪氨酸蛋白磷酸酶S Q13332 细节
整合素beta 1 P05556 细节
BDNF/NT-3生长因子受体 Q16620 细节
碳酸酐酶相关蛋白11 O75493 细节
-1-酸性糖蛋白2 P19652 细节
聚力蛋白核心蛋白 P16112 细节
载脂蛋白米 O95445 细节
脊髓灰质炎病毒受体 P15151 细节
酪氨酸蛋白激酶Mer Q12866 细节
N-acetylmuramoyl-L-alanine酰胺酶 Q96PD5 细节
羧肽酶问 Q9Y646 细节
凝血因子XII P00748 细节
补充C4-A P0C0L4 细节
白细胞介素-1受体拮抗剂蛋白 P18510 细节
转铁蛋白受体蛋白1 P02786 细节
载脂蛋白D P05090 细节
硒蛋白P P49908 细节
Afamin P43652 细节
神经细胞粘附分子L1 P32004 细节
巨噬细胞受体MARCO Q9UEW3 细节
Alpha-1B-glycoprotein P04217 细节
Alpha-2-HS-glycoprotein P02765 细节
c4b结合蛋白α链 P04003 细节
互补组分C8 β链 P07358 细节
补体成分C9 P02748 细节
补体因子H P08603 细节
补体因子I P05156 细节
Clusterin P10909 细节
胰岛素样生长因子结合蛋白复合物酸不稳定亚基 P35858 细节
胰蛋白酶间抑制剂重链H2 P19823 细节
富亮氨酸alpha-2-glycoprotein P02750 细节
Lumican P51884 细节
Kallistatin P29622 细节
色素上皮衍生因子 P36955 细节
载脂蛋白L1 O14791 细节
c4b结合蛋白β链 P20851 细节
补体组分C8 α链 P07357 细节
凝血因子XIII B链 P05160 细节
Ficolin-3 O75636 细节
胰蛋白酶间抑制剂重链H3 Q06033 细节
胰蛋白酶间抑制剂重链H4 Q14624 细节
免疫球蛋白J链 P01591 细节
孕带蛋白 P20742 细节
Alpha-1-antichymotrypsin P01011 细节
一种具有血栓反应蛋白基序的分解素和金属蛋白酶 Q76LX8 细节
UDP-glucuronosyltransferase 2 b10 P36537 细节
磷脂转移蛋白 P55058 细节
溶血磷脂酸受体4 Q99677 细节
外核苷三磷酸二磷酸水解酶 O75356 细节
Prostaglandin-H2 D-isomerase P41222 细节
载脂蛋白b - 100 P04114 细节
血液结合素 P02790 细节
富含组氨酸糖蛋白 P04196 细节
结合珠蛋白 P00738 细节
白细胞介素6受体亚单位 P40189 细节
免疫球蛋白重常数γ 3 P01860 细节
血管生成素相关蛋白3 Q9Y5C1 细节
淋巴管内皮透明质酸受体1 Q9Y5Y7 细节
细胞外超氧化物歧化酶[Cu-Zn] P08294 细节