结合基于蛋白质的IMAC,基于肽的IMAC和MudPIT进行高效的磷蛋白质组学分析。
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引用
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Cantin GT, Yi W, Lu B, Park SK, Xu T, Lee JD, Yates JR
结合基于蛋白质的IMAC,基于肽的IMAC和MudPIT进行高效的磷蛋白质组学分析。
中国生物医学工程学报,2009,27(3):444 - 444。doi: 10.1021 / pr0705441。Epub 2008年1月26日
- PubMed ID
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18220336 (PubMed视图]
- 摘要
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固定化金属亲和层析(IMAC)是从消化的蛋白质混合物中富集磷酸肽的常用策略。然而,当分析复杂的蛋白质混合物时,这种策略本身是低效的。在这里,我们评估了使用基于蛋白质的IMAC作为肽基IMAC之前的预富集步骤的有效性。最后,我们将两个基于imac的富集和MudPIT结合起来,对哺乳动物细胞的表皮生长因子通路进行了定量磷酸化蛋白质组学分析,鉴定出含有4729个磷酸化位点的4470个独特的磷酸肽。
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- 多肽
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名字 UniProt ID 原癌基因丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 P04049 细节 双功能谷氨酸/脯氨酸-tRNA连接酶 P07814 细节 溶质载体族12个成员2个 P55011 细节 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶A-Raf P10398 细节 乙酰辅酶a羧化酶 Q13085 细节 5'- amp活化蛋白激酶催化亚基α -1 Q13131 细节 DNA拓扑异构酶2 P11388 细节 表皮生长因子受体 P00533 细节 CTP合成酶1 P17812 细节 DNA(胞嘧啶-5)-甲基转移酶 P26358 细节 C-X-C趋化因子受体4型 P61073 细节 胰岛素受体底物1 P35568 细节 连环蛋白beta 1 P35222 细节 周期蛋白依赖性激酶 P06493 细节 磷脂酰丝氨酸合成酶 P48651 细节 微管相关蛋白 P11137 细节 cgmp抑制3',5'-环磷酸二酯酶B Q13370 细节 周期蛋白依赖性激酶 P50613 细节 Retinoblastoma-associated蛋白质 P06400 细节 DNA拓扑异构酶2 Q02880 细节 wee1样蛋白激酶 P30291 细节 丝裂原活化蛋白激酶1 Q13233 细节 热休克因子蛋白 Q00613 细节 不依赖阳离子的甘露糖-6-磷酸受体 P11717 细节 多药耐药相关蛋白 Q5T3U5 细节 Uracil-DNA糖基化酶 P13051 细节 内着丝粒蛋白 Q9NQS7 细节 蛋白激酶C - iota型 P41743 细节 Afadin P55196 细节 波形蛋白 P08670 细节 [3-甲基-2-氧丁酸脱氢酶[脂酰胺]]激酶,线粒体 O14874 细节 碳酸氢钠共转运体 Q9Y6M7 细节 有丝分裂原活化蛋白激酶激酶激酶2 Q9Y2U5 细节 rala结合蛋白 Q15311 细节 环amp依赖性转录因子ATF-2 P15336 细节 tgf - β活化激酶1和map3k7结合蛋白1 Q15750 细节 异质核糖核蛋白A2/B1 P22626 细节 剪接因子,富含脯氨酸和谷氨酰胺 P23246 细节 Desmoplakin P15924 细节 富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白质 P21291 细节 Filamin-A P21333 细节 Nucleophosmin P06748 细节 拼接因子1 Q15637 细节 Zyxin Q15942 细节 剪接因子3B亚基1 O75533 细节 ap2相关蛋白激酶 Q2M2I8 细节 丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶激酶激酶激酶 O95819 细节 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK1 Q9P0L2 细节 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶MARK2 Q7KZI7 细节 MAP/微管亲和调节激酶 P27448 细节 clip相关蛋白 Q7Z460 细节 畸形样激酶1 Q8N4C8 细节 磷脂酰肌醇激酶 Q9UBF8 细节 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N1 Q16512 细节 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶N2 Q16513 细节 组蛋白赖氨酸n甲基转移酶EZH2 Q15910 细节 肌醇多磷酸1-磷酸酶 P49441 细节 酪氨酸蛋白磷酸酶非受体12型 Q05209 细节 受体蛋白酪氨酸激酶 Q504U8 细节 小眼相关转录因子 O75030 细节 真核生物翻译起始因子4e结合蛋白 Q13541 细节 侏儒相关转录因子2 Q13950 细节 赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1A O60341 细节 增殖标记蛋白Ki-67 P46013 细节 elav样蛋白 Q15717 细节